江南藥都樟樹鎮，百草堂學徒杜仲癡迷藥材，對藥師之女宋文（彆名當歸）暗生情愫。然平靜被打破：配製軍中聖藥“七厘散”的藥材與《青囊藥典》殘頁失竊，東廠問罪、西廠窺伺，幕後黑手血櫻門更勾結倭寇，欲煉毒“亂神引”操控人心。 血櫻門焚燬百草堂，師父為護杜仲慘死，宋文失蹤。杜仲揹負汙名逃亡，憑藥材求生，後按《青囊藥典》殘頁藥浴練功，意外覺醒失傳武學“夢幻千手”。途中，他結識叛出血櫻門的半夏與抗倭刀客秦艽，更與化名行醫、暗中收集線索的宋文重逢。宋文不僅助他解讀藥典，更成其修煉“夢幻千手”的“活藥引”，四人並肩對抗邪惡。 最終，血櫻門以“亂神引”掀起禍亂，杜仲與宋文於總壇決戰：杜仲以“夢幻千手”撒解藥，宋文以金針助其穩心神，粉碎陰謀並奪回藥典。此後，二人婉拒名利，重建百草堂，將武功與藥理結合，著《牽手本草劫》，以仁心妙手守護一方，藥香與愛情皆成傳奇。
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